研究表明，苦草、黑藻、金鱼藻、伊乐藻、狐尾藻、菹草均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量，其中以苦草效果好。
金鱼藻、伊乐藻、眼子菜、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，对水体中总磷具有较好的去除效果，吉林苦草水草，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率---92.00%，且对总溶解性磷的去除率也---90.93%。在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7043、1370mg/kg降低至2929、352mg/kg。
在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7 043、1 370 mg/kg降低至2 929、352 mg/kg。
提高水体透明度
沉积物再悬浮会直接影响水体的透明度，而沉水植物可以减缓水流速度和风力，并且通过根部固定沉积物，抑制再悬浮。同时，沉水植物还可作为悬浮物的捕获器，促进沉降，水生苦草水草，进而提高水体透明度。horppila等进行为期83 d的研究发现，在沉水植物金鱼藻和钝叶眼子菜(potamogeton obtusifolius)生长的区域，沉水植物苦草水草价格，表层沉积物再悬浮量为793 g(dw)/m2，而在无沉水植物生长的区域，表层沉积物再悬浮量为1 701 g(dw)/m2。
化感作用
沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长对于根系不发达的沉水植物如黑藻、伊乐藻、金鱼藻等，主要依靠自身叶片吸收水体中的营养盐，如no3-、po43-、co2和hco3-，水生植物苦草水草批发，进而与浮游植物形成竞争关系。研究表明，大量沉水植物可以导致水体中磷含量急剧下降，造成浮游植物缺乏营养盐而难以在夏天形成水华。
对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。
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